キミがふと目を覚ますと、目の前にいたのは1匹のポケモン。しかもなぜか言葉が通じます。
よく見るとキミ自身がポケモンになっていたのでした。
ポケモンたちの話によると、この世界では、突如、各地で起き始めた自然変動により、さまざまな事件が起こっているようです。v キミは、パートナーとなるポケモンと救助隊を結成し、困っているポケモンたちを助けていくことになりました。

この世界の異変はいったい何が原因なのか、そしてキミがポケモンになってしまった謎とは何なのか──。

キミが出会う真実とは？

パートナーとなるポケモンと救助隊を結成し、困っているポケモンの救助に向かいましょう。

救助の依頼は、ペリッパー連絡所の掲示板や自分の救助基地に届く手紙など、いろいろな形で舞い込みます。
依頼を達成すると、救助隊の「救助ポイント」がアップします。救助ポイントを集めることで、救助隊ランクが上がっていきます。
結成したばかりのキミの救助隊は、まだ「ルーキーランク」。救助隊のあこがれの「ゴールドランク」を目指して、経験を積みましょう。

この世界には、山や峡谷、森などのさまざまな場所に「不思議のダンジョン」が存在し、入るたびに地形が変わります。

次々と舞い込む救助依頼を達成するには、このダンジョンを冒険しなくてはなりません。
ダンジョンには、タネやきのみ、わざマシンなど、冒険に役立つさまざまなどうぐが落ちています。
落ちているどうぐは地形と同じように、入るたびに、その位置や種類が変わっています。
どうぐを駆使して困っているポケモンを助けましょう。